Le Comité National des Entreprises d'Insertion est né le 23 mars 1988, à l'initiative de responsables d'Entreprises d'Insertion, soucieux de mettre en commun leurs expériences et leur énergie pour promouvoir leur action sur le plan national et développer l'ensemble du mouvement afin de sortir les personnes en grande difficulté de l'assistanat.

Aujourd'hui, le CNEI est un réseau national de plus de 15 ans d'existence transformé en une fédération des Unions Régionales en février 1996. Il regroupe 22 Unions Régionales, relais politiques et techniques, opérationnelles sur tout le territoire, auxquelles adhérent 550 entreprises d'insertion. La Fédération compte plus de 35 000 salariés et plus de 30 métiers développés au service de l'insertion. Elle s'appuie sur un véritable réseau de professionnels, réunis autour du postulat selon lequel "personne n'est à priori inemployable", pour promouvoir les entreprises d'insertion et contribuer à la lutte contre l'exclusion.

A cette fin, le CNEI représente ces structures auprès des pouvoirs publics et des organisations professionnelles, et de la même manière, signe des accords de partenariat avec des fondations nationales et des organismes financiers pour poursuivre le processus de labellisation des pratiques sociales (Qualirei) dans lequel le réseau s'est engagé. Il répond aussi aux besoins de professionnalisation des dirigeants et des permanents des entreprises en mettant en oeuvre des cycles de formation.