Le CNEI est composé de 3 instances : législative, consultative et opérationnelle. Les instances législatives sont bien entendu capitales, car elles sont l'essence du principe de Fédération, et se compose comme suit :

- le Conseil Fédéral : il constitue l'assemble générale de la Fédération. Les conseillers fédéraux sont désignés au sein de chaque Union Régionale (le nombre des représentnts par région variant en fonction du nombre de salariés cumulés des adhérents de l'Union Régionale), et siègent pour deux ans. Ils ont pour mission d'élire le Bureau Fédéral, d'approuver les comptes, de diffuser l'information et les décisions émanant du Conseil Fédéral, et de délibérer et voter sur la stratégie et les orientations politiques du CNEI.

- le Bureau Fédéral : élu pour deux ans parmi les membres du Conseil Fédéral, composé de 15 personnes, il met en oeuvre la politique décidée par le Conseil Fédéral, et crée (ou met fin à) des commissions et groupes de travail nationaux.

-L'instance consultative est pour l'heure essentiellement composée de la Conférence des Présidents des Unions Régionales, et se réunit pour consultation sur décision du Président du CNEI.

Les instances opérationnelles sont composées des permanents des Unions Régionales et des permanents du CNEI. Sur décision du Secrétariat Général, l'ensemble des Délégués des Unions Régionales peut être convoqué pour une "Réunion des Permaments".